Je to nestandardní požadavek, proto bych nečekal, že na to najdete nějaký vhodný nástroj. Formát PDF je koncipován primárně jako výstupní, tedy se další editace nepředpokládá a dokonce ani není žádoucí.
Trochu výjimkou je Adobe Illustrator a jeho interní formát souborů, ale to je v režii Adobe, jako...