Tak se mi nakonec povedlo vše rozchodit - a ponevadž mi to zabralo dost času rád bych se podělil o zkušenosti
1) režim AHCI jsem při instalaci systému nezapínal - nešlo nabotovat z CD, ale po instalaci jsem nastavil řežim AHCI v systému tímto FIXem a poté ho tepr přepl v BIOSU
Ověřit že FIX funguje si můžete ověřit v registrech kdy musí být změněny hodnoty položka START na 0 u těchto klíčů:
HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Services\Msahci
HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Services\IastorV
pokud by položka START nebyla na hodnotě 0 tak ji změnit ručně a mělo by to šlapat.
co se týče problému zarovnání oddílů při obnovách atd. jsem zjistil, že již řeší vše novější verze programů, takže jak při tvorbě oddílů nebo obnovách ze záloch zůstane zarovnání v pořádku.