Wysiwyg? To by byl Microsoft Word nebo Open Office.
Ale pozor, konečný vzhled vzniká až ve čtečce podle nastaveného fontu a velikosti písma... To máš jak s webovými stránkami - změníš velikost okna prohlížeče a stránka se ti "přeskládá", v každém prohlížeči může vypadat trochu jinak a on Epub není nic jíného než HTML + CSS.
Označení kapitol a nadpisů se dá udělat ve Wordu nebo v OpenOffice a naimportovat do Calibre.
Existují sady maker, které mají usnadnit práci, Santiagova makra pro Word a Rozšíření Writer2Latex pro OO/Libre office. Nikdy jsem je nepoužil, tedy neporadím.
http://santiago.wz.cz/index.html Pokud použiješ předdefinované styly nadpisů, Calibre je detekuje automaticky, pokud si vytvoříš uživatelský styl (Můj styl 1, Můj styl 2...), musel bys v Calibre nastavit, že má tento styl detekovat jako nadpis.
Doporučuji si udělat test - vyzkoušet si, jak na čtečce budou vypadat jednotlivé kategorie nadpisů a zařídit se podle toho.
Poznámky pod čarou jsem já nikdy moc neřešil, vždycky jsem ten text přesunul přímo za odkaz. Ono je to v epub těžké, ty to umístíš na konec stránky, ale čtečka si to přeformátuje podle sebe (podle aktuálně nastavené velikosti písma), takže bys to mohl vidět o dvě stránky na čtečce dál.
Samozřejmě pokud někdo zná řešení, sem s ním.
Přímo v Calibre máš Editor, ale tam pokud vím ručně upravuješ zdrojový kód v HTML a na vedlejší stránce se zobrazují výsledky, takže to bych za WYSIWYG nepovažoval.
https://manual.calibre-ebook.com/cs/edit.html